سایت «تاریخ ایرانی» نوشت: مهم‌ترین دلیل بر عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر از سوی نمایندگان مجلس «موضع‏‌گیری وی علیه نظام جمهوری اسلامی و اتحاد با نیروهای ضد انقلاب وابسته به شرق و غرب جهت نابودی نظام اسلامی و همچنین مخالفت مستمر وی با مجلس شورای اسلامی از بدو تأسیس و حتی پیش از افتتاح آن، دخالت صریح در قوه قضائیه و عدم درک صحیح از بدیهی‏‌ترین اصول قانون اساسی و نیز عدم اعتقاد به اصل تفکیک قوا» اعلام شد.

این‌چنین بود که بعد از برگزاری دو جلسه مجلس در روزهای 30 و 31 خرداد 1360 این طرح دو فوریتی با 177 رأی موافق، یک رأی مخالف و 12 رأی ممتنع به تصویب رسید.

طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر 11 روز پس از آن به تصویب نمایندگان رسید که امام خمینی وی را از سمت فرماندهی کل قوا برکنار کرده بود. یک روز پس از آنکه نمایندگان مجلس به عدم کفایت بنی‌صدر رای دادند، امام خمینی طی حکمی بر اساس قانون اساسی ابوالحسن بنی‌صدر را از سمت ریاست جمهوری عزل کرد.

ماجرای اختلافات میان مجلس و بنی‌صدر از ابتدای روی کار آمدن دولت وی و در جریان انتخاب نخست‌وزیر کلید خورد. هر چند با انتخاب شهید رجایی به سمت نخست‌وزیری به نظر می‌رسید موضوع اختلافات به فراموشی سپرده خواهد شد اما تقابل میان نیروهای مشهور به خط امام (ره) که عمدتا از اعضای حزب جمهوری اسلامی بودند و بنی‌صدر پس از انتخاب نخست‌وزیر و کابینه نیز همچنان ادامه یافت و در زمستان 1359 دور تازه‌ای از منازعات شروع شد.

در آخرین روزهای پاییز 1359، سخنرانی احمد سلامتیان و حسن لاهوتی اشکوری از یاران نزدیک بنی‌صدر در مشهد باعث مناقشات و درگیری‌هایی بین هواداران دو گروه شد و در اسفندماه‌ همان سال نیز با سخنرانی 14 اسفند رئیس‌جمهوری در دانشگاه تهران، این منازعات شدت گرفت.

با شدت گرفتن اختلافات در نوروز 1360، هیاتی از سوی حضرت امام خمینی، مسئول رسیدگی به اختلافات پیش‌آمده شد و به روزنامه‌ها اخطار شد که از انتشار مواردی که باعث آشوب می‌شود، خودداری کنند اما شروع کار این هیات، هیچ تاثیری در جلوگیری از توسعه تحریکات و اغتشاشات نداشت. در این میان روابط میان بنی‌صدر با سازمان مجاهدین خلق گسترده‌تر شد. این‌چنین بود که مجاهدین خلق (منافقین) در 18 خرداد 1360، حمایت کامل و یکپارچه خود را از بنی‌صدر اعلام و به نهادهای انقلابی و مسئولان حمله کرد.

پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا در 20 خرداد 1360 توسط امام خمینی، سازمان مجاهدین خلق طی اطلاعیه‌ای ضمن حمایت از بنی‌صدر، خواستار حراست از جان رئیس‌جمهور شد. در این اطلاعیه آمده بود: «مجاهدین خلق ایران با اخطار قاطع انقلابی علیه هرگونه سوء‌نیت به جان رئیس‌جمهور، از تمامی خلق قهرمان ایران، آمادگی و حضور دائم در صحنه‌ها و مقاومت پیگیر را طلب نموده و در این شرایط حمایت از شخص رئیس‌جمهور و حفاظت از جان او را یک وظیفه مبرم انقلابی در سراسر کشور تلقی می‌کند.»

همزمان با تصویب دو فوریت طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر از سوی مجلس شورای اسلامی، سازمان مجاهدین خلق یک بار دیگر با حمایت از وی، طی اعلامیه‌ای تهدیدآمیز، نمایندگان را از شرکت در جلسه بررسی عدم صلاحیت رئیس‌جمهور بر حذر داشت. در این اطلاعیه آمده بود: «... سازمان مجاهدین خلق ایران به تمامی نمایندگان که در مجلس حضور می‌یابند، نسبت به کلیه عواقب گسترده عزل رئیس‌جمهور در فضای هیستریک ارتجاعی حاکم، زنهار می‌دهد. از این‌رو با یادآوری مجالس و ادوار قانون‌گذاری که در تاریخ معاصر ایران به استقرار دیکتاتوری منجر شده است، ما به فرد فرد نمایندگان حاضر و به ویژه آنها که نسبت به سرنوشت مردم ایران احساس مسئولیت می‌کنند، تذکر می‌دهیم که خود را شایسته لعن و نفرین ابدی ملت ایران نساخته و مرعوب صحنه‌های ساختگی چماق‌داران در برابر مجلس نشوند.»

با وجود این، در حالی که به نوشته روزنامه کیهان، روز جمعه 29 خردادماه میلیون‌ها نمازگزار جمعه خواستار عزل و محاکمه بنی‌صدر شدند، روز شنبه 30 خردادماه بررسی طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر در مجلس شورای اسلامی آغاز شد. همزمان سازمان مجاهدین خلق از هوادارانش دعوت کرده بود تا در روز 30 خرداد 1360، در حمایت از بنی‌صدر به خیابان‌ها بیایند.

همزمان با این بیانیه، سپاه پاسداران انقلاب اسلامی با صدور اطلاعیه‌ای نسبت به تحرکات ضدانقلاب هشدار داد و بهزاد نبوی، سخنگوی دولت از برخورد قاطعانه قوای انتظامی با درگیری‌های خیابانی خبر داد. با این حال گروهی از هواداران سازمان مجاهدین خلق در روز 30 خرداد به خیابان‌ها آمدند. روزنامه کیهان فردای آن روز در گزارشی با عنوان «هجوم مسلحانه مجاهدین خلق به مردم، با خشم انقلابی توده‌های مسلمان مواجه شد»، نوشت: «طی درگیری‌های وسیعی که روز گذشته در چندین نقطه تهران رخ داد، گروهی از اعضای سازمان مجاهدین خلق ایران که به چاقو و اسلحه گرم مسلح بودند در خیابان‌ها به راه افتادند و طی درگیری‌هایی که به وجود آوردند، بر اساس آمار موجود در پزشکی قانونی 14 مرد و دو زن را کشته و عده زیادی را مجروح کردند. تظاهرکنندگان در چندین خیابان از جمله خیابان سهروردی به اتومبیل‌های سواری و اتوبوس‌ها حمله کردند و تعداد زیادی از شیشه‌های اتومبیل‌ها را خرد کردند و در خیابان‌های دیگر به ساختمان‌های مردم و اموال بیت‌المال آسیب رساندند. روز گذشته خیابان‌های طالقانی، ولی‌عصر، انقلاب و میدان فردوسی غرق در آتش و دود غلیظ لاستیک و تخته و جعبه مقوایی بود که توسط اعضا و هواداران جنبش ملی مجاهدین به آتش کشیده شده بود.»

این روزنامه درباره کشته‌شدگان واقعه 30 خرداد نوشت: «از جمله کشته‌شدگان حوادث دیروز که هویتشان مشخص شده است سیدخلیل حسینی مسئول کتابخانه مسجد حضرت علی (ع) واقع در خیابان سهروردی و علی مازندرانی مسئول امور شهرستان‌های بنیاد شهید بودند.»

این روزنامه در ادامه گزارش خود از تظاهرات حزب‌اللهی‌ها در ساعت 18:35 خبر داده و می‌نویسد: «در این ساعت گروهی از مردم در میدان فردوسی شروع به دادن شعار علیه بنی‌صدر کردند. این گروه در حالی که فریاد می‌زدند مرگ بر بنی‌صدر - خمینی عزیزم بگو تا خون بریزم، در خیابان قره‌نی دست به راهپیمایی زدند. در ساعت 18:45 یک ماشین سواری متعلق به سازمان صنایع ملی ایران توسط هواداران گروهک‌ها به آتش کشیده شد. در خیابان طالقانی مقداری خون ریخته شده که در کنار آن نوشته شده است: این خون یک برادر حزب‌اللهی است که در پشت جبهه به طرز غریبانه‌ای شهید شده است».

بعد از این وقایع، علی قدوسی دادستان کل انقلاب با صدور بیانیه‌ای از برخورد قاطع با عوامل درگیری‌های تهران خبر داد. در این بیانیه آمده بود: «به دنبال اعلام جنگ مسلحانه گروه منافقان - و درگیری‌های تهران - دادسرا‌ها و دادگاه‌ها موظفند با کمال قدرت در مقابل توطئه‌های شوم آنها در تمام کشور برخورد قاطع و بی‌امان بنمایند.» کمیته مرکزی هم در اطلاعیه‌ای با اعلام اینکه «پرده‌های فریب و نیرنگ منافقین دریده شده است»، اعلام کرد: «بدیهی است پاسداران کمیته‌های انقلاب اسلامی از این پس با گروه‌های محارب برخوردهای قاطع و اسلامی خواهد داشت.»

فردای آن روز در جوی خاص بررسی کفایت سیاسی رئیس‌جمهوری در مجلس شورای اسلامی ادامه یافت و بعد از نطق موافقان و مخالفان، طرح مذکور با 177 رای موافق، 12 رای ممتنع و یک رای مخالف از تصویب نمایندگان گذشت.

این‌چنین بود که اکبر هاشمی رفسنجانی رئیس وقت مجلس با ارسال نامه‌ای به امام با اعلام رای مجلس به عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر خواستار اعلام نظر بنیانگذار انقلاب شد. متن این نامه بدین شرح است:

«بسم‌الله الرحمن الرحیم

محضر شریف حضرت آیت‌الله العظمی امام خمینی ادام‌الله ظله

محترما به استحضار می‌رساند رای مجلس شورای اسلامی در جلسه مورخ 1360/3/31 پس از بحث و بررسی با حضور یک صد و هفتاد و نود نفر به شرح زیر:

آرای موافق: یک صد و هفتاد و هفت نفر

آرای مخالف: یک نفر

آرای ممتنع: دوازده نفر

در مورد آقای سیدابوالحسن بنی‌صدر بر این قرار گرفت که آقای ابوالحسن بنی‌صدر برای ریاست جمهوری اسلامی ایران کفایت سیاسی ندارد.

به موجب اصل 110 قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران مراتب برای اتخاذ تصمیم به خدمت امام عظیم‌الشأن گزارش می‌گردد.

رییس مجلس شورای اسلامی

اکبر هاشمی رفسنجانی»

یک روز پس از آن، امام خمینی (ره) در پی‌نوشت نامه ریاست وقت مجلس شورای اسلامی مرقوم فرمودند: «پس از رأی اکثریت قاطع نمایندگان محترم مجلس شورای اسلامی مبنی بر اینکه آقای ابوالحسن بنی‌صدر برای ریاست جمهوری اسلامی ایران کفایت سیاسی ندارند، ایشان را از ریاست جمهوری اسلامی ایران عزل نمودم.

اول تیرماه 1360

روح‌الله موسوی‌ الخمینی»

بدین ترتیب دوران ریاست جمهوری اولین رئیس جمهوری اسلامی ایران به پایان آمد و شورای موقت ریاست جمهوری اسلامی ایران با حضور آیت‌الله موسوی اردبیلی، محمدعلی رجایی و آیت‌الله هاشمی رفسنجانی برای اداره امور اجرایی کشور تشکیل شد.